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https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/8947
Tipo: | Trabalho de Conclusão de Curso |
Título: | FERRAMENTA DE BIOINFORMÁTICA PARA COMPARAÇÃO ENTRE SEQUÊNCIAS DE PROTEÍNAS |
Autor(es): | GILDO MATHEUS NASCIMENTO JÚNIOR |
Primeiro orientador: | ROBSON SOARES SILVA |
Resumo: | A bioinformática é um campo interdisciplinar que combina biologia e informática para analisar e interpretar grandes conjuntos de dados biológicos, como sequências de DNA, proteínas, nucleotídeos e aminoácidos. No contexto deste estudo, o problema abordado é a necessidade de desenvolver ferramentas computacionais eficazes para comparar sequências biológicas e identificar relações entre diferentes organismos. O objetivo deste trabalho é desenvolver um sistema web que permita aos usuários comparar sequências de proteínas ou aminoácidos, utilizando a ferramenta Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) e o banco de dados Protein Data Bank (PDB). O sistema visa facilitar a análise de similaridades entre sequências e a identificação de organismos relacionados com base nessas similaridades. Para atingir os objetivos propostos, foram utilizadas técnicas de desenvolvimento web e integração com o NCBI, o sistema foi implementado utilizando as linguagens HTML, CSS, JavaScript e PHP, além de frameworks de estilização e interação com o BLAST e o banco de dados PDB. O sistema desenvolvido permitiu aos usuários inserir sequências de proteínas e realizar buscas utilizando o BLASTp. Os resultados das buscas foram apresentados de forma clara e intuitiva, em formato de sequências primárias e estruturas 3D, destacando os organismos mais similares às sequências inseridas, em ordem decrescente, no formato de porcentagem. Isso proporcionou aos usuários uma maneira fácil e eficiente de explorar as relações entre suas sequências pesquisadas e as sequências encontradas nos organismos analisados, facilitando a compreensão da diversidade genética. |
Abstract: | Bioinformatics is an interdisciplinary field that combines biology and computer science to analyze and interpret large sets of biological data, such as sequences of DNA, proteins, nucleotides, and amino acids. In the context of this study, the problem addressed is the need to develop effective computational tools to compare biological sequences and identify relationships between different organisms. The objective of this work is to develop a web system that allows users to compare protein or amino acid sequences, using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and the Protein Data Bank (PDB) database. The system aims to facilitate the analysis of similarities between sequences and the identification of related organisms based on these similarities. To achieve the proposed objectives, web development and integration techniques with NCBI were used, the system was implemented using the languages HTML, CSS, JavaScript and PHP, as well as styling and interaction frameworks with BLAST and the PDB database. The system developed allowed users to insert protein sequences and perform searches using BLASTp. The search results were presented in a clear and intuitive way, in the format of primary sequences and 3D structures, highlighting the organisms most similar to the inserted sequences, in descending order, in percentage format. This provided users with an easy and efficient way to explore relationships between their searched sequences and sequences found in analyzed organisms, facilitating understanding of genetic diversity. |
Palavras-chave: | Bioinformática BLAST Sequências biológicas |
País: | |
Editor: | Fundação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul |
Sigla da Instituição: | UFMS |
Tipo de acesso: | Acesso Aberto |
URI: | https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/8947 |
Data do documento: | 2024 |
Aparece nas coleções: | Sistemas de Informação - Bacharelado (CPPP) |
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