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https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/7405| Tipo: | Dissertação |
| Título: | VIGILÂNCIA GENÔMICA DAS VARIANTES EMERGENTES DO SARS-COV-2 EM CIDADES DO TERRITÓRIO BRASILEIRO. |
| Autor(es): | THAUANE DE OLIVEIRA SILVA |
| Primeiro orientador: | Julio Henrique Rosa Croda |
| Resumo: | Introdução: Em dezembro de 2019, as autoridades chinesas detectaram um novo tipo de vírus que pode causar infeções em seres humanos. Desde a emergência do SARS CoV-2, pesquisadores têm monitorado suas mutações, traços do genoma, evolução e comportamento do vírus através de diferentes ferramentas utilizadas no âmbito da vigilância genômica. Objetivo: Avaliar a introdução e circulação das variantes emergentes do SARS-CoV-2 em cinco cidades do Brasil (Niterói-RJ, Campo Grande MS, Dourados-MS, Rondônia-RO, Recife-PE). Métodos: O presente estudo é uma pesquisa descritiva, analítica, observacional de corte transversal; com dados primários submetidos a técnicas laboratoriais a partir de amostras positivas para infecção pelo SARS-CoV-2. A análise filogenética foi composta por isolados identificados e um conjunto representativo da diversidade viral numa árvore de alta verossimilhança utilizando as ferramentas Viral MSA e QI‐TREE2 12. Foram coletados dados clínicos, valores do ciclo limiar (Ct) e sorologia para comparar a frequência dessas variáveis em indivíduos acometidos pelas Variantes de Preocupação (VOC) em comparação com outras linhagens do SARS-CoV-2, em termos de transmissibilidade, sintomas clínicos e escape imunológico. Resultados: Foram incluídos 209 indivíduos, a maioria mulheres, com média de idade de 39,8±13,5 anos e da cor branca. Foram identificadas 13 cepas circulantes no período de outubro de 2020 a maio de 2021. As variantes mais frequentes foram P.2 (46,4%), seguidas por P.1 (22%) e B.1.133 (11,4%). As VOC apresentaram um valor menor de Ct em comparação com outras linhagens, o que pode significar uma maior transmissão viral. Os indivíduos que foram atingidos pelas VOC apresentaram soroconversão em menor proporção em relação às outras cepas. Conclusão: Contextualizar os genomas sequenciados permitiu analisar o espalhamento geográfico e a dinâmica viral em escalas local, regional e nacional. Apesar de o sequenciamento genômico ter sido realizado em larga escala, ainda existem lacunas do conhecimento que necessitam ser preenchidas para compreender a história natural do SARS-CoV-2, bem como seus impactos globais. Palavras-chave: SARS-CoV-2; Variantes Emergentes; Vigilância Genômica |
| Abstract: | ABSTRACT Introduction: In December 2019, Chinese authorities detected a new type of virus that can cause infections in humans. Since the emergence of SARS-CoV-2, researchers have monitored its mutations, genome traits, evolution and behavior of the virus through different tools used within the scope of genomic surveillance.Objective: To evaluate the introduction and circulation of emerging variants of SARS-CoV-2 in five cities in Brazil (Niterói-RJ, Campo Grande-MS, Dourados-MS, Rondônia-RO, Recife PE). Methods: The present study is a descriptive, analytical, cross-sectional observational research, with primary data submitted to laboratory techniques from samples positive for SARS-CoV-2 infection. The phylogenetic analysis comprised identified isolates and a representative set of viral diversity in a high-likelihood tree using Viral MSA and QI-TREE2 tools.12 Clinical data, Ct values, and serology were collected to compare the frequency of these variables in individuals affected by Variants of Concern (VOC) compared to other SARS-CoV-2 strains regarding transmissibility, clinical symptoms, and immune escape. Results: We included 209 individuals, mostly women, with a mean age of 39.8±13.5 years and of white color. Thirteen circulating strains were identified from October 2020 to May 2021. The most frequent variants were P.2 (46,4%), followed by P.1(22%) and B.1.133 (11,4%). VOC showed a lower Ct value than other strains, which may signify greater viral transmission. Individuals affected by VOC showed seroconversion in a lower proportion than the other strains. Conclusion: Contextualizing the sequenced genomes allowed us to analyze the geographic spread and viral dynamics on local, regional, and national scales. Although genome sequencing has been performed on an unprecedented scale, knowledge gaps still need to be filled to understand the natural history of SARS-CoV-2 and its global effects. Keywords: SARS-CoV-2; Emerging Variants; Genomic Surveillance |
| Palavras-chave: | SARS-CoV-2 Variantes Emergentes Vigilância Genômica |
| País: | Brasil |
| Editor: | Fundação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul |
| Sigla da Instituição: | UFMS |
| Tipo de acesso: | Acesso Aberto |
| URI: | https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/7405 |
| Data do documento: | 2023 |
| Aparece nas coleções: | Programa de Pós-graduação em Doenças Infecciosas e Parasitárias |
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