Aspectos de genômica comparativa

Abstract

Com o avanço no seqüenciamento de genomas e facilidade no acesso às seqüencias, técnicas computacionais de análise comparativa tornaram-se indispensáveis ferramentas para uma melhor caracterização e compreensão dos organismos em estudo. Um projeto genoma consiste, basicamente, em 3 grandes fases: seqüenciamento, anotação e análise. A segunda fase, anotação, consiste em determinar onde, em cada cromossomo, se encontram as regiões que codificam informações genéticas, os genes, assim como em determinar a caracterização funcional de cada gene. Na fase de análise, busca-se uma caracterização do organismo estudado, em termos de suas funcionalidades biológicas, a partir das informações geradas nas duas fases anteriores. Este trabalho está inserido no contexto da análise do genoma. Especificamente, o trabalho consiste na total reformulação do pacote de ferramentas denominado EGG. A reformulação inclui a reimplementação de todo o código-fonte, bem como a descrição e implementação de novas metodologias e funcionalidades. O objetivo principal é disponibilizar à comunidade científica um pacote com um conjunto de ferramentas para a comparação de genomas no nível dos seus genes e proteínas.

With the advance in the genome sequencing and easiness in accessing the sequences, computational techniques of comparative analysis had become indispensable tools for a better characterization and understanding of the organisms in study. A genome project consists basically in 3 major phases: sequencing, annotation and analysis. The second phase, annotation, consists of determining, in each chromosome, where genetic coding regions are as well as in determining the functional characterization of each gene. In the analysis, the goal is a characterization of the organism of interest, in terms of its biological functionalities, from the information generated in the two previous phases. This work is inserted in the context of the analysis of the genome. Specifically, the work consists of the total reformularization of the package of tools named EGG. The reformularization includes reimplementing of the source code, as well as description and implementation of new methodologies and features. The main goal is to give to the scientific community a package with a set of tools for genome comparison in the level of its genes and proteins.