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Tipo: Tese
Título: TAXONOMIA INTEGRATIVA EM LIQUENS PARMELIOIDES (PARMELIACEAE) DO BRASIL
Autor(es): Andressa Silva Rodrigues
Primeiro orientador: Aline Pedroso Lorenz
Resumo: Fungos liquenizados compreendem diferentes organismos funcionando como um ecossistema autossustentável, uma complexa forma de vida mutualística benéfica entre fungos, algas verdes e/ou cianobactérias, além de outros microrganismos. Possuem mais de 19 mil espécies conhecidas, sendo Parmeliaceae a mais diversa. Ela é dividida em duas subfamílias: Protoparmelioideae e Parmelioideae. Esta última, ainda é subdividida informalmente em sete clados, sendo que o clado Parmelioide, com representantes predominantemente foliosos, agrupa cerca de 67% da diversidade da família. Por muitos anos os liquens têm sido identificados baseado apenas em características morfológicas, mas com adventos moleculares, novas ferramentas para identificação desses organismos têm ganhado espaço, como o uso do DNA barcoding, e mais atualmente a associação desse com a taxonomia integrativa. Esta abordagem tem como objetivo utilizar diferentes fontes de dados para a identificação e/ou delimitação específica, e tem mostrado alta eficiência nos resultados obtidos. Assim, nosso estudo tem como objetivo utilizar a abordagem integrativa e o DNA barcoding (baseado no marcador nuITS) nas espécies do clado Parmelioide de Parmeliaceae de algumas localidades do Brasil. No primeiro capítulo, realizamos a combinação das espécies Canoparmelia amazonica e Myelochroa lindmanii no gênero Parmelinella. Confirmamos o posicionamento dessas espécies através da filogenia molecular (nuITS), propondo assim, a combinação de ambas sob o gênero Parmelinella. Além disso, também fornecemos descrições morfológicas e químicas e imagens, subsidiando a nova classificação. No segundo artigo propomos Hypotrachyna neohorrescens como nova espécie (subgênero Parmelinopsis). Hypotrachyna neohorrescens é proximamente relacionada com H. mcmulliniana, porém com baixa, utilizando apenas o marcador nuITS. A distinção filogenética de ambas só foi possível com marcadores concatenados (nuITS+mtSSU). Morfologicamente as espécies também apresentam diferenças sutis. Além disso, não encontramos diferenças morfológicas e químicas entre Hypotrachyna neohorrescens e H. horrescens, mas geneticamente, possuem grande divergência, sendo, portanto, consideradas espécies crípticas. No terceiro e último capítulo realizamos a identificação integrativa de 90 espécimes de liquens coletados no extremo sul do Brasil. Inicialmente fizemos a identificação morfológica, encontrando 39 morfoespécies. Com a identificação molecular baseada em DNA barcoding (marcador nuITS), utilizando o BLASTn para verificar as espécies mais próximas das sequências, e, posteriormente, reconstruímos as filogenias por gênero e usando como sequências de referências aquelas disponíveis no banco de dados público – GenBank. Baseado nos resultados das três abordagens (DNA barcoding, análises do BLASTn e filogenia), entre as 39 morfoespécies, 22 continham sequências homônimas, ou seja, sequências com mesmo nome no banco de dados GenBank. Todavia os resultados das filogenias mostraram que 20 morfoespécies agruparam com sequências de mesma identidade, mas 10 delas apresentaram também diferentes espécies nos clados. Entre as 17 morfoespécies sem sequência homônimas, somente seis mostraram ser geneticamente distintas das demais sequências do GenBank, enquanto as demais apresentaram alguma incongruência entre as abordagens. Encontramos pelo menos 22 casos de possíveis complexos de espécies em nossos dados, os quais não foram solucionados utilizando apenas o marcador nuITS. Nossos resultados corroboram com estudos recentes, os quais destacam a falta de resolução do marcador nuITS em complexos de espécies. Tornando assim a tarefa de usar apenas DNA barcoding como ferramenta de identificação específica ainda mais desafiadora.
Abstract: Lichenized fungi comprise different organisms functioning as a self-sustaining ecosystem, a complex form of beneficial mutualistic life between fungi, green algae, and/or cyanobacteria, in addition to other microorganisms. They have more than 19 thousand known species, with Parmeliaceae the most diverse, and divided into two subfamilies: Protoparmelioideae and Parmelioideae. The latter is still informally subdivided into seven clades, with the Parmelioid clade having predominantly foliose representatives, accounting for around 67% of the family’s diversity. For many years, lichens have been identified based only on morphological characteristics, but with molecular advances, new tools for identifying these organisms gained space, such as the use of DNA barcoding, and more currently its association with integrative taxonomy. This approach aims to use different data sources for specific identification or delimitation and has presented the best results among the most current studies. Thus, our study aims to use an integrative approach and DNA barcoding (based on the nuITS marker) in species of the Parmelioid clade of Parmeliaceae from some localities in Brazil. In the first chapter, we combined two species Canoparmelia amazonica and Myelochroa lindmanii into Parmelinella. We confirmed the positioning of these species through molecular phylogeny (nuITS), thus proposing the combination of both under the genus Parmelinella. In addition, we also provide morphological and chemical descriptions and images, subsidizing the new classification. In the second article, we propose Hypotrachyna neohorrescens as a new species (subgenus Parmelinopsis). Hypotrachyna neohorrescens was closely related to H. mcmulliniana, but with low resolution using only the nuITS marker. The phylogenetic distinction of both was possible only with concatenated markers (nuITS+mtSSU). Morphologically, both species also present subtle differences. Moreover, we did not find morphological or chemical differences between Hypotrachyna neohorrescens and H. horrescens, but genetically, they present high divergences, thus being considered cryptic species. In the third and final chapter, we carried out the integrative identification of 90 specimens of lichens. Initially, we identified based on morphology, finding 39 morphospecies. Then molecular identification was carried out through DNA barcoding (nuITS marker), using BLASTn to verify the species closest to the study sequences and later we reconstructed the phylogenies by genus and used as homonymous sequences those available in the public database – GenBank. Based on the results of the three approaches (DNA barcoding, BLASTn analysis, and phylogeny), Among the 39 morphospecies, 22 contained homonymous sequences, i.e., sequences with the same name in the GenBank database. However, the phylogeny results show that 20 of these morphospecies grouped with sequences of the same identity, while 10 also presented distinct species in the same clade. Among the 17 morphospecies without homonymous sequences, only six were genetically distinct from the other sequences in GenBank, while the others showed some incongruity between the approaches. We found at least 22 cases of possible species complexes in our data, which were not resolved using only the nuITS marker. Our results corroborate recent studies that have already highlighted the lack of resolution of the nuITS marker in species complexes. Thus, making the task of using only DNA barcoding as a specific identification tool even more challenging.
Palavras-chave: TAXONOMIA INTEGRATIVA E USO DO DNA BARCODING EM LIQUENS PARMELIODES (parmeliaceae) DO BRASIL
País: Brasil
Editor: Fundação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul
Sigla da Instituição: UFMS
Tipo de acesso: Acesso Aberto
URI: https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/8299
Data do documento: 2023
Aparece nas coleções:Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biodiversidade - Rede Pró Centro-Oeste



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