Identificação de genes por comparação de DNAs

Abstract

O Problema da Identicação de Genes consiste na busca pelas regiões codicantes presentes em uma sequência de DNA. Uma das formas de abordar esse problema é através da comparação entre sequencias de DNA próximas evolutivamente. Neste trabalho realizamos um estudo detalhado do problema neste contexto comparativo, propondo uma formulação matemática para ele. Com base nessa formulação, desenvolvemos um algoritmo baseado em programação dinamica que foi implementado em uma nova ferramenta de identicação de genes. Ainda como parte deste trabalho, confrontamos o desempenho dessa ferramenta com o de outras ferramentas de predicação, também baseadas no método de comparação de sequências. Nessa avaliação experimental, constatamos que a ferramenta desenvolvida por nós superou as outras em praticamente todos os níveis de avaliação.

The Gene Prediction Problem can be defined as the search for the coding regions of a DNA sequence. One approach for this problem is based on the comparison of evolutionary related DNA sequences. In this work we performed a study of the problem in this comparative context, proposing a mathematical formulation for it. Based on this formulation, we developed a dynamic programming algorithm that was coded in a new gene prediction tool. Also as part of this work, we compared the performance of our tool with others comparison based gene prediction programs. In this experimental evaluation, the tool developed by us surpassed the others in almost all levels of evaluation.