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https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/3649
Registro completo de metadados
Campo DC | Valor | Idioma |
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dc.creator | PAOLA GOMES SILVA | - |
dc.date.accessioned | 2021-05-03T20:43:06Z | - |
dc.date.available | 2021-09-30T19:55:37Z | - |
dc.date.issued | 2021 | pt_BR |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/3649 | - |
dc.description.abstract | Ipês are trees or shrubs of the Bignoniaceae family widely used in urban afforestation in all regions of Brazil. In winter these plants lose most of their leaves and replace them with bunches of flowers of intense colors very appreciated in landscaping. Although they are frequently used in urban vegetation and are highly popular, some species are not yet represented in the public DNA sequence banks and others are not correctly identified, even with gender indication issues. DNA barcoding is a molecular identification tool that uses small DNA sequences to identify species. To be considered a good DNA barcode, the genomic region must follow certain criteria, such as: 1) be easily amplified in the laboratory; 2) result in short sequences; and 3) be sufficiently variable to discriminate taxa at the species level. In this study, we used two of the plastid markers indicated by the Consortium for the Barcode of Life (CBOL), the matK gene and the intergenic spacer trnH-psbA, to verify their potential for identifying species of urban ipê trees in the city of Campo Grande, Mato Grosso do Sul. We study 12 species popularly known as ipê of the genera Cybistax, Handroanthus, Jacaranda, Tabebuia and Tecoma. Our results suggest that the trnH-psbA marker is the best single locus candidate to identify the ipês’ species, when compared to matK, while results based on concatenated markers (matK + trnH-psbA), indicated the same efficiency rate of identification as trnH-psbA only, but supported by higher branches. In the BLAST analyzes, we have had little success in identifying the species. This is because the public DNA sequence database does not include all species covered in this study and presents low quality sequences. This demonstrates the need for a local database for identification through DNA barcodes and for more studies that provide high quality DNA sequences, with taxonomic accuracy. | - |
dc.language.iso | pt_BR | pt_BR |
dc.publisher | Fundação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul | pt_BR |
dc.rights | Acesso Aberto | pt_BR |
dc.subject | identificação de espécies | - |
dc.subject | árvores urbanas | - |
dc.subject | Handroanthus | - |
dc.subject | Tabebuia | - |
dc.subject | matK | - |
dc.subject | trnH-psbA. | - |
dc.title | Identificação de ipês (Bignoniaceae) por DNA barcoding | pt_BR |
dc.type | Dissertação | pt_BR |
dc.contributor.advisor1 | Flavio Macedo Alves | - |
dc.description.resumo | Ipês são árvores ou arbustos da família Bignoniaceae amplamente utilizadas em arborização urbana em todas as regiões do Brasil. No inverno essas plantas perdem a maioria de suas folhas e as substituem por cachos de flores de cores intensas e muito apreciadas no paisagismo. Ainda que sejam de uso frequente na vegetação urbana e de grande apreciação popular, algumas espécies ainda não estão representadas nos bancos de sequências de DNA públicos e outras não estão corretamente identificadas, havendo inclusive problemas de indicação de gênero. O DNA barcoding é uma ferramenta de identificação molecular que utiliza pequenas sequências de DNA para a identificação de espécies. Para ser considerado um bom DNA barcode, a região genômica precisa atender a determinados critérios, como: 1) ser de fácil amplificação em laboratório; 2) resultar sequências curtas e, 3) ser suficientemente variável para discriminar taxa a nível de espécie. Neste estudo, utilizamos dois dos marcadores plastidiais indicados pelo Consortium for the Barcode of Life (CBOL), o gene matK e o espaçador intergênico trnH-psbA, para verificar o seu potencial de identificação de espécies de ipês urbanos da cidade de Campo Grande, Mato Grosso do Sul. Foram estudadas 12 espécies popularmente conhecidas como ipês dos gêneros Cybistax, Handroanthus, Jacaranda, Tabebuia e Tecoma. Nossos resultados sugerem que o marcador trnH-psbA é o melhor candidato locus único para identificar as espécies de ipês, quando comparado com o matK, enquanto os resultados baseados nos marcadores concatenados (matK + trnH-psbA), indicaram a mesma taxa de eficiência de identificação que o trnH-psbA, porém com suporte de ramos mais elevados. Nas análises de BLAST, obtivemos pouco sucesso na identificação das espécies. Isso se deve ao fato de o banco de dados público de sequências de DNA não contemplar todas as espécies abordadas neste estudo e também por conter sequências de baixa qualidade. Isso demonstra a necessidade de um banco de dados local para a identificação através de DNA barcoding e também a necessidade de mais estudos que disponibilizem sequências de DNA de alta qualidade, com acurácia taxonômica. | pt_BR |
dc.publisher.country | Brasil | pt_BR |
dc.publisher.initials | UFMS | pt_BR |
Aparece nas coleções: | Programa de Pós-graduação em Biologia Vegetal |
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Arquivo | Descrição | Tamanho | Formato | |
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Final_Dissertação_Paola_Gomes_Silva.pdf | 480,32 kB | Adobe PDF | ![]() Visualizar/Abrir |
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