Uma ferramenta para integração de dados de expressão diferencial e interação funcional de proteínas

Abstract

Este trabalho descreve o desenvolvimento de duas ferramentas computacionais: um pipeline para analise de expressao diferencial de genes e outra para a visualizaçao grafica de resultados de expressao diferencial, chamada DEPICTViz, que agrega ao resultado da analise de expressao diferencial informações de interaçao funcional de proteinas. O pipeline desenvolvido realiza o mapeamento de reads no genoma de referencia, a ordenação dos reads mapeados, a construção e uniao de transcritos e a analise de expressao diferencial. A ferramenta DEPICTViz foi desenvolvida para a visualização de experimentos de expressao diferencial de genes e interação de proteinas. DEPICTViz foi testada com sucesso em varios estudos de caso.

ABSTRACT - This work describes the development of two computational tools: a pipeline for differential gene expression analysis and another one, called DEPICTViz, for graphically visualizing di erential gene expression analysis and protein interactions. The developed pipeline executes the read mapping into the reference genome, the sorting of the mapped reads, the building and the union of transcripts and nally the di erential gene expression analysis. DEPICTViz was developed to visualize di erential gene expression analysis and protein interactions. DEPICTViz has been successfully tested on several case studies.