Soluções em GPU para o problema do alinhamento Spliced

Abstract

As GPUs (Graphics Processing Units Unidades de Processamento Grá co) têm se mostrado uma boa plataforma de computação paralela devido à sua grande capacidade de processamento, que evolui muito a cada ano, e seu bom custo-benefício. Algumas áreas apresentam grande potencial de aplicação da computação paralela, como por exemplo a análise de sequências biológicas, uma importante área da Bioinformática. Devido aos avanços nas técnicas de sequenciamento de DNA, o tamanho das bases de dados biológicos vem crescendo muito nos últimos anos, motivando as pesquisas de soluções de alto desempenho para os problemas da área. Assim, este trabalho tem como objetivo desenvolver soluções em GPU para o algoritmo de Gelfand para o problema do alinhamento spliced, e estudar formas de explorar paralelismo na execução do algoritmo nesse dispositivo.

ABSTRACT - GPUs (Graphics Processing Units) have shown to be a good platform for parallel computing because of their large processing capacity that evolves every year and their good cost-bene t ratio. Some areas present great potential for the use of parallel computing, as the analysis of biological sequences, an important area in Bioinformatics. Due to advances in DNA sequencing techniques, the size of the biological databases has been increasing drastically in recent years, motivating the research of high performance solutions to the problems in this area. Therefore, this work aims to develop GPU-based solutions to the Gelfand algorithm for the spliced alignment problem, and investigate ways of exploiting parallelism in the algorithm execution on this device.